目前碘、碘伏很常用，生产上使用也较为广泛。两者的优点是杀菌效果好，对细菌、病毒、原虫、霉菌以及芽孢等的杀灭作用都很强。缺点是容易见光分解，所用产品需要避光保存。猪场常用碘制剂对皮肤、伤口消毒，或者用于洗手消毒，另外也可以用作对圈舍空栏、车辆、用具等的消毒。
甲醛与戊二醛很常用。戊二醛气味淡，甲醛比较刺激，但甲醛杀菌效果、渗透能力比较强，甲醛对细菌、病毒甚至芽孢等都有不错的效果。鉴于戊二醛味淡、甲醛味刺激的特点，甲醛多用于浸泡和熏蒸，戊二醛多用于环境、带猪体表消毒。
漂白粉、次氯酸钠等很常见，优点是杀灭作用较强，对细菌、病毒、芽孢都有效；缺点是刺激性太强，且易挥发，常用于饮水消毒。
有单链和双链两种。单链无刺鼻味、性温和、安全性较高、低腐蚀性，对细菌、病毒皆有效。双链具有单链的一系列优点，且杀菌效果比单链强。无论是单链还是双链，渗透力差是两者的共同缺点。生产中常用于人员洗手，带猪消毒，圈舍栏、车辆、料槽以及用具等的消毒。
过氧乙酸、过氧化氢与臭氧很常用。过氧乙酸的杀菌能力最强，同时也被普遍的使用。这三种消毒剂对细菌、病毒、霉菌以及芽孢等都有杀灭效果，但有刺激性酸味，会引起猪打喷嚏，且易挥发，对栏舍有一定的腐蚀性。此类消毒剂常用浸泡、喷洒、涂抹等方式来进行消毒，避免了刺激的缺点。
碱类的特点是廉价、渗透能力强，并且稳定，因此常用；除此之外，还具有膨胀、去污作用。常用的有烧碱、生石灰。碱类可以快速渗入畜禽有机物，从而杀灭细菌、病毒、虫卵。缺点是有腐蚀性，如烧碱不能用于带猪消毒，需空栏使用，且在进猪前尤应注意清洗圈舍，避免灼伤猪蹄及皮肤。
优点是价廉、渗透力强，缺点是杀灭病原微生物的作用较弱，对霉菌、细菌尚可，对病毒、芽孢的作用就差一些。该类消毒剂有刺激性气味和腐蚀性，常用于外环境，如猪场大门口、排污沟等。
猪场的全进全出制度是消毒的前提工作，除了猪只外，还有猪舍的其他用品和杂物也需要一起全进全出。清空或者转移所有猪只，把诸如补料槽、垫板等设备物品也进行全进全出，然后清除猪只排泄物、垫料和剩余饲料，确保清扫干净。
清洗可以把生产中出现的血液、胎衣、羊水、猪体表脱落物及分泌物和部分排泄物清除干净，猪舍的这些有机物中藏匿着大量可能致病的病原微生物，不管什么类型的消毒剂，都很难渗透其中发挥作用，大量残留的病原微生物给下一批猪带来极大的安全隐患。
欲发挥消毒剂的作用，必须使消毒药物完全接触到病原微生物，简单冲洗的结果是或多或少存在不易被消毒剂接触到的有机物，况且反复、多次的消毒会增加猪场成本。如未移除栏舍内的设备，则员工清洗完后，从表面看栏舍很干净，但实际打开相关设备，还会发现藏匿很多污垢。因此，建议在清洗时尽可能地移去可以移除的设备，如料槽，产房的保温板等，使栏舍完全暴露出来。
每栋猪舍彻底的清洗是有效消毒的前提，但多数猪场都很不注意清洗的重要性，随随便便空栏清扫后，用水冲洗就算完事，接着就开始消毒，这种做法是不科学的。
笔者建议的方法是：首先通过低压水浸湿猪舍5～6小时以上，使猪舍地面、墙壁、阴暗角落处的污物发软或者溶解。这样就缩短了实际高压清洗的时间，同时提高了消毒效果，节省了猪场用水；其次，在高压水枪的作用下，大量污物被清洗下来并冲走；第三，检查高压清洗的效果，把遗漏的、清洗不彻底的地方再次清洗；经过低压湿润和两次高压清洗，基本达到消毒前的准备工作。
猪场设计的科学也关乎猪舍的消毒效果。笔者建议，猪场设计遵循简单、坚固、实用三原则。猪场设计的效果在实际生产操作中应该体现的是方便、简单易行。
同样，设计科学的猪场必然也对消毒产生积极的影响，但是，一些猪场设计常常出现排污道、猪舍地面没有坡度，容易经常性积水；水泥硬化地面、墙面出现很多裂缝，狭缝中难于清除粪污；漏粪坡度太小或者太长，不容易清理猪产生的垃圾。这些都给最终的消毒带来一系列问题，导致清扫不彻底、留有死角、消毒剂难于达到等后果。
潮湿是万病之源，猪舍的每个角落都做到干燥是必须的。干燥的环境切断了许多病原微生物的繁殖环境，也是猪场设计者应该考虑的问题。
外环境是经常被忽略的地方，如养殖场内的道路和生活区。场内道路以及猪场人员、猪只流动等环境中的病原微生物相对单一猪舍来说更为复杂。因此，保持场内道路的清洁卫生，经常采用高压水清洗，选用高效、低毒、广谱的消毒剂，进行每周1～2次的定期消毒。
生活区和办公区也是一个菌群复杂的地方，如果是一个没有做到全封闭的猪场，这种情况更为突出，客户以及其他人群都是带来外源性病原微生物的可疑人群。生活区和办公区应常保持干净卫生，当外来人员离开时就做消毒。外来人员需要进入生产区时，首先应淋浴，然后穿猪场专用工作服以及胶靴，通过猪场生产区门前的消毒池和单栋猪舍门前的消毒池（垫）消毒后进入，并按猪场指定路线行走。猪场员工离场后返回，要先做消毒，换洗衣服，并在生活区隔离一周左右才能进入生产区。
饮水不干净卫生也是猪只感染疾病的原因之一，猪场饮水如果出现大肠杆菌、沙门氏菌等有害微生物超标，就对猪只会产生严重影响。另外，猪场投喂保健品、抗生素时，会出现管道水线堵塞和生物膜形成，影响猪只饮水卫生。因此，需要对管道做消毒处理，通常选用溶于水的含氯消毒剂。对于猪用饮水器、水管及水箱则采用漂白粉溶液浸泡消毒。
当猪场在冬季或者猪舍温度较低时，猪舍消毒器械的使用很有讲究。消毒器械喷出的水滴太大，会使猪感觉不舒服。目前常常使用的就是气雾消毒技术，该消毒器械能够把消毒剂以细小的微粒喷洒至空气中，形成气溶胶，从而对猪舍进行全方位的消毒，且不会让猪产生不舒适感。
这种消毒方法，消毒剂的颗粒越小，雾化效果越好，猪的冷应激越小。有必要注意一下的是，喷雾时应尽可能地将消毒液喷向舍内空中，同时观察雾滴大小和其降落状况，并适时调整流量使雾滴达到需要的颗粒细度。该种雾化消毒方法可在猪场疫病高发季节进行猪舍带猪消毒。
