降低疾病侵入猪舍的有效方法，无论在每批猪出栏货要不要进行彻底清洗。消毒剂都是养猪场所必需的产品，但许多人并未能发挥消毒剂的最大效果，关键是没有合理规划利用消毒剂。对消毒剂的效果大打折扣，还造成资源的浪费。
增加消毒剂使用量也没有办法弥补未彻底清洗猪舍的后果。在消毒前，应对所有表面（包括猪舍和设备）进行清洗。
养殖户在采购消毒药时需要自问“个人会使用这种消毒剂达到什么目的？”某些消毒剂专门设计用于杀灭某些特定病原或专门用于某种用途，因此，在规模化猪场，应选择合理的消毒剂，针对不同的病原，有明确的目的性选择应对病毒、细菌或其他病原微生物具有广谱消毒活性的消毒剂。
用于消毒剂打湿所有表面以便让消毒剂对病原发挥作用至关重要。背负式喷雾器或压力清洗装置通常是达成彻底消毒在最适宜方法。在消毒时应格外注意角落、裂缝和结合处。
水箱、水线和饮水器均会受到病原污染，在饮水系统中形成的生物膜会让清洗水线变得很困难。对饮水系统来进行彻底清洗和消毒可确保下一批猪只的饮水安全。稀释比例正确以便能够从水源至饮水器都能够检测到消毒剂。这是很重要。推荐方法为：消毒后在水中添加酸化剂来控制微生和减缓生物膜形成。
稀释工作可能看起来最简单，但负责消毒的人需要先阅读标签。不同的消毒剂需要不同的稀释水平，稀释率取决于使用方式，还可能取决于稀释用水的硬度。使用精确测量工具将有利于确保稀释准确。另外温度会影响消毒剂的效果。如在冬季使用轮式喷雾器，如果预计气温会达到零度以下，那么应仔细选择消毒剂，且在大多数情况下要添加防冻剂或调整稀释倍数。
无论使用何种生产系统，所有猪舍均需定期清空、清洗和消毒。这将有利于防止病原侵入，从而为下一批猪只提供好的开端。高效消毒程序可降低疾病发生率，并提高生产性能。对养猪场消毒程序做评估有助于发现需要改进的方法，从而确保不浪费资金，还能达到理想的消毒效果。
